婚检存在问题的，医疗机构不会告知对方。当事人去医疗机构进行婚检后，婚检结果只会告诉本人，不会让其他人知道，即使婚检存在问题，也不会将当事人的隐私泄露出去，当事人进行婚检后，发现患有重大疾病的，应当在结婚登记前如实告知另一方，当事人不如实告知的，另一方可以去人民请求撤销婚姻，婚姻关系被撤销后，婚姻自始没有法律约束力，当事人不具有夫妻的权利和义务。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》
第一千零五十三条 一方患有重大疾病的，应当在结婚登记前如实告知另一方；不如实告知的，另一方可以向人民请求撤销婚姻。
请求撤销婚姻的，应当自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内提出。